在走出禁忌森林之后，明龖一行人总算到了一个城市（依旧无名）；第一次来到城市，小遥的妙蛙种子十分的活跃，对很多的新鲜事物都很好奇，毫无社会经验差点闯祸。小智想着让自己的妙蛙种子过来跟小遥的妙蛙种子见个面（面授机宜），于是让大木博士传送精灵球过来。但传送过来后，小智发现精灵球是假的，妙蛙种子也并没有传送到他这里。原来这一切都是火箭队的诡计，火箭队在小智他们来到宝可梦中心之前对精灵球传送装置做了手脚，已经有很多人中了招，而真正修传送装置的修理人员这才出现。
之后就是和火箭队的对抗，他们虽然还是很坑，但最近的战斗力还是很可观（研究经费足，各种稀奇古怪的东西层出不穷），打败他们花了点时间；主要还是靠小智的妙蛙种子带着小遥的妙蛙种子，小智家的妙蛙种子很好的做出了榜样，双方也是异常的合拍。
小智的妙蛙种子是他在关都地区收服的第三只宝可梦，同样的小遥的也是；在宝可梦乡的妙蛙种子，因为它的工作是保护宝可梦乡宝可梦的安全，所以一开始对小智非常警惕，但是最后解除对小智的警惕，向小智发出挑战。小智使用皮卡丘，成功收服了妙蛙种子；它是继皮卡丘后，留在小智身旁的最长的宝可梦，后来成为了大木博士研究院中的调解员，这边刚来了小智身边，又因为研究院的争端再次“回归”。
妙娃种子的名场面是在不思议花园中妙蛙种子出现进化的迹象但不愿进化，并学会日光束；小智的妙蛙种子一开始很讨厌人类，也包括小智，在与小智走散后以为小智抛弃了它；不过后来在它与小智的相处下它渐渐地开始喜欢上小智。应大木博士请求回到大木研究所后，它似乎成为了大木研究所的管理者，这主要是因为它善于化解宝可梦之间的矛盾。大木研究所不能没有它，不然一些宝可梦会打起架来；另外，它通过放射不同的日光束来召唤小智在不同地区收服的宝可梦，是研究所里的“好大哥”。
小遥的妙蛙种子有个特别之处，它的头上的斑点是很少见的爱心斑点；因为长期住在没有人烟的森林中，所有对大都市的一切都有点“惧怕”，最后在小遥的帮助下克服了这一心理“障碍”。另外，它一直都是喜欢花的，应该是个“女宝宝”，明龖的记忆里，它会离开小遥在大木研究所生活一段时间，而且很快就会进化到最终形态妙蛙花。
宝可梦中心是为宝可梦训练家建造的一类设施，宝可梦中心多位于宝可梦世界的大多数城镇中；有的大型重要地点附近也可能存在一座宝可梦中心，一些其他地点如华丽大赛会场，各地区的宝可梦联盟也有宝可梦中心柜台。一般来说这里都有很强的守护力量，单单乔伊小姐就不会弱的；今天被火箭队摆了一道有点丢脸，但宝可梦训练家的基数那么大，在这里搞事情是会死的很惨的，平时还是有点松懈，主要是宝可梦世界的人都比较纯粹。
在湖边露营的明龖一行人，在码头休息的小智一不小心把徽章盒掉进了湖中（臭美的锅），被一只巨大的鲶鱼王吞下去了。心急如焚的小智不假思索地跳进水里去追鲶鱼王，但是却被水草缠住了脚，一下子无法挣脱而即将溺水；就在千钧一发之际，小智隐约间抓住了一个钓饵，结果被钓鱼大师铃村所救。在小智一行人的拜托下，铃村决定帮小智一臂之力，钓上巨大鲶鱼王并取回徽章；可是追求巨大鲶鱼王阿主超过了五十年的铃村，真的能钓到这只巨大鲶鱼王，它可是有着远超正常鲶鱼王的智慧和能力。
经钓鱼大师铃村的介绍，这只巨大鲶鱼王叫做阿主，在这片湖中作为主人已经居住了100年以上。刚刚阿主跃出湖面一口吞下了小智不小心掉落的徽章盒，在小智请求它归还徽章盒时，它伸出舌头将徽章盒展示给小智看，但又不肯归还，还向小智挑衅。于是小智派出龙虾小兵，龙虾小兵在小智的指挥下使用了蟹钳锤，却不敌阿主使出的水之波动被击败。之后，阿主潜入水中并游进了水草丛里，躲过了跳进湖里的小智的追击。
在小智一行人向铃村求教钓鱼诀窍时，阿主又一次浮出水面向小智等人挑衅；后来，当小智一行人和铃村坐船在湖面上钓鱼时，阿主咬住了小智的鱼饵，并拖着载着几人的船不断前进。小智让龙虾小兵对自己使出蟹钳锤借力跳到了岸边，成功将阿主钓上了岸（那是相当的玄幻，但是还好没有违背科学），并让森林蜥蜴对阿主使出拍击；小智再次提出让阿主归还徽章盒，但阿主依旧不愿并挑衅（老妖精就是喜欢作死），这时火箭队三人组出现并用网抓走了阿主（哪里都有的火箭队三人组，稍有特色的宝可梦都不会放过）。
小智等人追上并同火箭队展开对战，在此期间，阿主使出地震使火箭队无法站稳，小智趁势让皮卡丘使用打雷打飞了火箭队（常规套餐）；而因此产生的爆炸扬起了尘土使阿主打了个喷嚏，徽章盒也从阿主口中飞出回到了小智手里。
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