最早的高句丽都城位于辽宁桓仁县的五女山城，又叫纥升骨城，五女山城的传说我们前边已经有所交代，朱蒙建国后定都于此并且小有扩张，但是国家一大了这个地方交通不便而且山城很狭小容纳人口小这些缺点就暴露了出来，所以到了琉璃明王二十二年（公元三年）的时候高句丽从五女山城迁都到了“国内城”（今吉林省集安市）。
高句丽的这次迁都是有很大的政治考量的，一方面解决原都城地势狭窄交通不便的诸多问题，另一方面也让北方的扶余国放松了对自己的警惕。而此次迁都史料记载并不只是迁都国内城那么简单，还在国内城附近修建了“尉那岩城和“丸都山城”两个卫城。丸都山城的遗址今天已经被发现，位于集安市内，其西部和北部有两座险要的山峰阻挡，而东部又有鸭绿江天然屏障保卫国都，显然是一个天然的战略堡垒。我们现在只能大致的勾画出丸都山城的大概轮廓，而原有的布局现在已经无法考证，只能确定该城大概为长方形，分东、西、南、北四面城墙。
国内城以及丸都山城本质上是一体的，到了高句丽中后期二者基本合二为一。公元197年，汉末割据势力辽东太守公孙度出兵攻打高句丽，攻占了高句丽首都“国内城”并且焚毁了这座城市，后来山上王迁都丸都山城。到了曹魏时期（公元244年），曹魏派大将毋丘俭攻打丸都山城，丸都山城被曹魏侵略军攻克，毋丘俭焚毁了丸都山城，使的高句丽一度废弃了丸都山城，到了魏晋时期高句丽在与前燕的战争中逐渐溃败，使得高句丽故国原王高钊有重新修缮丸都山城。但是逐渐没多久（公元342年）前燕天王慕容皝就亲率大兵攻打丸都山城，一度攻占了丸都山城，并且又将丸都山城摧毁，可怜催的丸都山城还不如不修，在此之后丸都山城就不作为都城使用。高句丽的故国原王又将都城迁回了国内城。
高句丽长寿王高连时期，又从国内城迁都到平壤城，这项举动标志着高句丽进入了向朝鲜半岛南部扩张的新国策。至于平壤城的历史最早的记载在于东川王二十一年，当时的高句丽首都丸都山城已经被曹魏侵略军完全摧毁，史书记载：“王以王都城经乱，不可复都，筑平壤城，移民其庙社”，说明了在曹魏时期，高句丽才修筑了“平壤城”，这也是平壤在历史上的第一次出现，但是此“平壤城”，并非今天北朝鲜的首都平壤，而是位于吉林省集安市鸭绿江附近的平壤城，说明其离国内城和丸都山城不远，而当时的平壤城也并没有作为高句丽的首都来使用。故国原王时期高句丽先后遭到了前燕慕容皝和百济近肖古王扶余句的双重打击，前燕摧毁了丸都山城，而百济摧毁了“平壤城”，故国原王本人也在平壤之战中战死。
到了好太王高谈德时期，高句丽迎来了前所未有的机遇，好太王实现了从太祖大王时期十三代王的努力终于攻占了辽东城，不仅如此，在高句丽北方还灭掉了扶余国、将靺鞨七部全部归顺于高句丽的统治之内。在南方好太王积极向朝鲜半岛南部扩张，攻占了百济首都汉城（今韩国首尔）以及汉江以北的百济领土，并且驱逐了朝鲜半岛的倭寇势力，一举让高句丽成为了东北亚地区响当当的强国。既然有了那么大的武功，当然不满足于国内城这个都城了，好太王在位期间，又在朝鲜大同江流域附近的古朝鲜王俭城的位置内重新逐渐了平壤城（今北朝鲜平壤）。到了长寿王十五年（公元427年）高句丽正式迁都平壤。
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