但是到底福王父子最后的下落，却成了一个千古之谜，再无人说得清楚，福王父子就这么在洛阳之乱当中莫名其妙的失踪了。
至于剩下的几个省里面试图纠集武力和于孝天对抗的皇族，也同样没有一家能安然度过崇祯十三年年底，在于家军这种新式军队强大的火力面前，那些临时纠集起来的叛军，根本就是战五渣，不出意外很快便都被于孝天派兵纷纷讨灭。
而且到了崇祯十三年底的时候，连以前于孝天一直没有把势力渗透进去的云贵等地，于家军也攻入了其中，迅速击溃了当地一些不听朝廷使唤的抵抗势力。
而且于孝天下令，把朱家所有在册的皇亲国戚，全部交由当地官府严厉监管起来，非特准的情况下，只能留在府中，不得擅自出府，一切府中所需用度，皆有当地官府统一配送供应，等于是彻底将朱家子孙给关到了笼子里面。
于孝天这样的手段已经算是相当温和了，比起一些改朝换代的时候，将原来的皇族尽数屠杀的手段，已经算是相当宽厚了。
两年时间过去之后，整个北方以及中原的局势也就基本上彻底稳定了下来，虽然个别地方还有一些像白莲教之类的邪教试图作乱，一些不肯安分的豪强还在试图给朝廷捣乱，但是在于家军强力压制之下，这些都是小打小闹，基本上翻不起多大的浪花了。
随着各种新政在大明土地上逐步推行，官场风气逐渐清明，各种以前官吏们惯用的一些敲诈勒逼百姓的手段一点点的被取缔，使得老百姓们身上的负担大幅度的减轻，各地的农业生产也逐步在恢复起来，就算是遭受灾害最严重的陕西地区，现如今百姓也回到了土地上，开始重新整理土地。
连年的战乱，使得北方人口剧减，许多遭受严重兵祸的地方都出现了十室九空的情况，就算是流民返乡回到故土之后，也存在严重的人口缺乏的情况，使得原来很多土地都因为没有足够的人力和畜力耕种撂荒。
于是于孝天下旨，让山陕河南一些地方，特别是以前的山地之中不适合进行农耕的村庄进行搬迁，把有限的村民移出山区，转到一些人口较为稀少但是土地较为适合耕作的地方进行重新安排，令其租种官田，把原来的一些山区之中的村庄废弃掉，退耕还林来保持水土，在自然环境方面，踏出了保持水土的第一步。
崇祯十四年四月，于孝天终于下旨取消漕运，改漕运为海运，南方调往北方的钱粮弃运河走海路，从沿海的港口装上海船，运往北方，彻底革除漕运耗费太多国家资源的弊政。
但是这件事，同样也招致了剧烈的反弹，因为废弃漕运就会影响到数十万以前依赖漕运为生的船民以及漕丁还有各种管理漕运事务的官吏们的生计。
对此于孝天给出的解决办法是一部分漕船由国家给予补贴，收购处理，或者是拆毁或者是改为在江河之中做短途运输之用，安置一部分漕船的船民上岸给予他们土地转为农民。
另外一部分还愿意在船上讨生活的船夫，则迁至沿海一带，招募其上海船充当船员使用。
至于各处的漕丁，则重新改编，该遣散安置的遣散安置，该招入军中继续当兵的则招入军中听用。
还有一部分以前漕运方面的官吏，则另行安排，抑或是遣散，抑或是调用其它地方，仅仅保留一部分水利条件比较好的运河河段，继续维持，至于许多地段严重淤积的运河则选择废弃。
表面上来看，这样的做法很妥善，已经考虑到了绝大多数人的利益，但是实际上还是严重的影响到了不少原来在运河漕运事务上大捞实惠的部分人的既得利益。
这么一来，这些人肯定很是不爽，于是便在民间大肆鼓动漕民闹事，更有一些别有用心之人，参与其中暗中出钱招买人手试图趁机作乱。
对此于孝天也提前早有预料，这样大规模的影响到几十万人生计的问题，他不可能没有准备，在这个圣旨出台之前，大批细作已经提前被安插混入到了漕民之中，所以当一些人开始纠集闹事的时候，各地军方以及地方官府，立即就开始使出了雷霆手段，将一批挑头闹事之人抓了起来，就地正法。
顺带还拔出萝卜带出泥，牵扯出了不少浑水摸鱼的官吏，其中单单是南直隶方面，就抓了上百官吏，也都速判速决，将其斩首弃市。
结果刚刚闹起来不长时间的运河沿岸的民乱，仅仅三个多月的时间，便被纷纷按了下去。
掐去了这些挑头或者暗中指使的头脑之后，剩下的漕民也就好对付多了，加之朝廷给出了他们较为优惠的待遇，这些底层的漕船船夫们对比一下，他们在漕船上当船工的时候，和现在朝廷给出的待遇，他们自然也就偃旗息鼓，开始接受重新安置。
这一下朝廷就每年可以节省下巨额的漕运费用，最关键的是免去了以前因为漕运，而多被扒几层皮的普通百姓的负担。
而省下来的这笔钱，一部分改投到了海运事务上去，新建了大批用来南粮北运的货船，安置了不少因为取消漕运而失业的船工，减少了大量的因为漕运的浪费情况。
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