这锦衣卫如此说后，张懋修就忙看了张敬修一眼。
张敬修则对这锦衣卫道：“知道了，你先下去吧。”
这锦衣卫便拱手称是，且离开了张宅。
而待这锦衣卫一离开，张懋修便对张敬修说：“果然让兄长你说中了！他们这是怕我们查到他们，所以灭了自己人的口？”
“不然呢？”
“除了自己人，还有谁能神不知鬼不觉地让一堂堂佥宪失踪？”
张敬修冷冷一笑，回应了张懋修的话后，就道：
“我得进宫一趟，立即向陛下奏明此事！”
“失踪一个佥都御史，怎么看也不算小事，你立即回北镇抚司，告知于白缇帅，认真查访此事！”
“无论怎么说，失踪一个佥都御史，我锦衣卫都需要查出其幕后黑手的！”
“好！”
于是，张敬修便进了宫，张懋修则去了北镇抚司。
朱翊钧从张敬修知道此事后，就让人传见了申时行，且在申时行来了后，便问道：
“佥都御史沉子木在从首辅官邸出来后便失踪了，他来见师傅是为了什么？”
申时行听朱翊钧这么说后，微微一怔，随即就拱手说：
“回陛下，沉佥宪来找臣是为了劝臣上本请陛下中止清理佛寺之事，言说是底下奉行过严，导致了大量僧尼暴毙，以至于人心惶惶，且拿昔日奸邪之人因太师推行新政而欲对其抄家灭族之事例，来劝臣多思量将来后路。”
“那师傅是怎么回答的？”
朱翊钧问道。
申时行便将自己的原话告知给了朱翊钧。
朱翊钧听后未语，只说道：“陈经邦还是交给三法司处理此事，明正典刑吧。”
申时行拱手称是，且在出宫后，就见到了刑部尚书舒化。
舒化对申时行言道：“元辅可知沉佥宪一事？”
申时行颔首。
“但元辅可知，坊间已有传言，是公不满陈肃庵与沉玉阳在清理佛寺事上颇多诋毁，故与某缇帅勾结起来，先整陈本兵，再害沉佥宪，行排挤异己事；”
“明白者自然不会相信这话，但亦有湖涂者，摩拳擦掌欲劾公操权太甚。”
舒化则继续对申时行低声言语起来。
申时行笑道：“无妨，流言蜚语任他去！”
“仆还是那句话，只要仆还在这个位置上，趁着天子图治，还愿意惠民，愿意分利于天下，愿意增加天下之财，仆就尽量多给天下士民多争些外利，多增加天下之财以飨国家。”
申时行这么说后，舒化就没再多言，只看着申时行的背影，目光渐渐阴沉起来。
“刑部这边直接议陈经邦死罪，然后移文都察院与大理寺覆议。”
舒化在回到刑部后就对刑部郎中杨梦皋吩咐了一件事。
杨梦皋闻弦歌而只雅意，知道舒化这是在说申时行不肯因为流言蜚语结束清理佛寺之政，而刑部这边就只能对陈经邦秉公执法，否则的话，申时行就应该通过饶恕陈经邦死罪的方式，来向外界表达自己已畏惧人言有意结束此政策的意思。
所以，杨梦皋便问：“那申吴县到底是怎么说的？”
“他的意思是随便天下人怎么诋毁他弹劾他，只要他在这个位置上，就会多为自己申家争取些矿利。”
舒化言道。
杨梦皋听后：“那我们真的要弹劾吗？”
问后，杨梦皋就继续言道：“本来，按照我们的意思，是既开发外利，但也不清理佛寺，如此官民两便，内外皆宁！偏偏他申吴县因为自己申家和整个新礼一党所得认购劵最多，而竟不惜竭泽而渔！”
舒化一挥手：“要弹劾也不用我们动手！这清理佛寺之政在底下闹得天怒人怨，自会出问题的，他申吴县乃浅陋之人，利欲熏心，哪里知道真正的实情！”
清理佛寺之政的确存在有过度执行的问题。
“剃发！”
凤阳府，有典吏严肃诚竟强行勒令官差将其剃了发，而上报给凤阳知府龚若乐说，查获没有度牒的僧尼若干人，毁私寺私庵若干，龚若乐只为政绩好看，让上面喜欢，也懒得过问那么多，直接按此上报，而严肃诚与麾下官差就这么抢掠了一干百姓的财货而无罪，一时发了不少财。
凤阳巡按御史张文熙闻知不得不上疏弹劾龚若乐，且以胥吏奉行过严、扰民甚重为由，第一个请朝廷及时停止清理佛寺之政。
与此同时。
在凤翔府，因正值大旱大饥之时，所以许多流民在当地寺庵出家务工以食，凤翔知府沉自赓却不顾及现状，也不赈灾，强行毁寺庵，结果激怒百姓，造成有百姓直接蚁聚围攻府城，但因没攻下就流窜到了其他州县，竟因此裹挟起更多流民作乱。
三边总督萧大亨在闻知有大量流民作乱后才查知内情，而因此派人快骑报于了朝廷知道。
在萧大亨报此事的同时，广西道御史其实已提前向朱翊钧奏禀了此事，且直接上疏参劾申时行说：
“元辅申时行为积财于私党，不思赈济，不准地方有司报忧而只令其擅行苛政，以至于得罪菩萨，天降大旱，先是广西饥，后是淮扬地震，数县百姓无家可归，如今凤翔又大饥，去冬京畿亦雨雪不时，灾异频见，咎当在此。”
“故请陛下停其苛政，罢其职，早令有司赈济，而熄天怒！”
而左副都御史张岳也向朱翊钧奏明了地方上许多官吏过度执行的问题，且言道：
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